Mikrofiltracja jest procesem oczyszczania wody i zalicza się do metod membranowych. Do procesu mikrofiltracji stosuje się specjalne membrany, których pory mają średnicę od 0,1 do 5 mikrometrów.
Mikrofiltracja zachodzi dzięki uzyskaniu różnicy w ciśnieniach hydrostatycznych, które wytwarzają się po obu stronach membran. Kiedy w procesie zostanie osiągnięte ciśnienie w granicach 0,05-0,5MPa to wówczas rozpoczyna się właściwy proces mikrofiltracji.
Dzięki zastosowaniu mikrofiltracji z zanieczyszczonej wody można usunąć m.in.
różnego rodzaju zawiesiny, cząsteczki tłuszczu, bakterie oraz wirusy oraz drobinki pochodzące z surowców roślinnych.Mikrofiltrację stosuje się szczególnie w celu zmniejszenia mętności wody, uzyskaniu jej naturalnego zabarwienia oraz spadku intensywności z jaką woda rozprasza światło.
Metodę tę wykorzystuje się głównie podczas klarowania różnego rodzaju roztworów, a także przy sterylizacji pożywek. Mikrofiltrację coraz częściej przeprowadza się w układach statycznych, co ogranicza odkładanie się osadu na membranie.